Se piensa que los primeros homo sapiens cruzaron por el estrecho de Bering entre el 40.000 y 50.000 a.C. Existen asentamientos humanos en Ecuador en torno al 10.000 a.C. Las zonas arqueológicas con restos (puntas de flechas o hachas de piedra) más antiguos se encentran en El Inga, en la zona de Ilaló (Quito), en Las Vegas, Jondachi, Chobshi, Cubilán y otros lugares. Sus primeros habitantes eran cazadores-recolectores nómadas.
Estos primeros habitantes estaban conformados en grupos de no más de 80 miembros. En las zonas de Costa ampliaban su menú también al pescado. De este periodo son los poblamientos en Las Vegas (en la península de Santa Elena), del 9000 al 4600 aC., en donde se encontró el enterramiento de los “amantes de Sumpa”. Un hombre y una mujer abrazados y cubiertos por grandes piedras. En este territorio apareció la agricultura (maíz, yuca) y la alfarería (primeras cerámicas para guardar la comida y cocinar) lo que produjo el sedentarismo de su población.
La primera cultura conocida en Ecuador es la Valdivia. Comenzó en el 3500 a.C. en las actuales provincias de Manabí y Santa Elena y se extendió por todo el litoral. Vivían en casas construidas de bahareque (de cañas y barro). Su economía estaba basada en la agricultura y la pesca. Y comienza la división social gracias a los excedentes de producción. Así aparecen los primeros caciques, guerreros y los chamanes. Un elemento fundamental en su cultura era las conchas de spondylus utilizadas para sus rituales religiosos. Aparecen también figuritas femeninas llamadas “venus”. A partir de la cultura Valdivia se van a desarrollar las culturas Machalilla y Chorrera.
Un tema interesante es que a partir del 2500 a.C. se va a desarrollar un intercambio de productos entre los pueblos de la Costa, la Sierra y la Amazonía. En la Sierra se desarrollaron Cerro Narrío (Cañar), Alausí (en Chimborazo) o Cotocollao (en la Pichincha). En la Amazonía destacamos la Fase Pastaza y pueblos vinculados a la Cueva de los Tayos.